Die DMP-Evaluation misst die Wirkung strukturierter Behandlungsprogramme auf die teilnehmenden Versicherten. Dabei wurden bis 2014 die BKK in Gruppen zusammengefasst, für die jeweils kassenübergreifende, regions- und indikationsbezogene Evaluationsberichte erstellt werden. Pro DMP-Indikation und Region (zumeist KV-Bezirk) werden all jene BKK einer Evaluationsgruppe zugeordnet, die denselben Dienstleister zur Unterstützung bei der Programmumsetzung gewählt haben. Kassen, die die Programme ohne externe Unterstützung durchführen, werden in der Evaluationsgruppe ‚Selbst’ zusammengefasst.
Bis Ende 2011 wurden die Evaluationsberichte als sehr umfängliche Berichte erstellt, ergänzt um eine risikoadjustierte Anlage, die eine Vergleichbarkeit der Ergebnisse sicherstellte. Seit 2012 werden die zuvor in den umfänglichen Evaluationsberichten stehenden Auswertungen direkt in maschinenlesbarer Form an das Bundesversicherungsamt übermittelt. Zusätzlich veröffentlichen die Kassen ausgewählte Ergebnisse in Evaluationskurzberichten, erstmals im Frühjahr 2012 für die DMP-Indikationen Asthma und COPD. Die neuen Evaluationskurzberichte ersetzen nach und nach die bisherigen.
Seit 2014 ist die Verpflichtung zur Erstellung von kassenartenbezogenen Evaluationsberichten durch eine Richtlinie des Gemeinsamen Bundesausschusses entfallen. Die bisherigen Berichte werden nun durch bundesweite, kassenartenübergreifende Berichte ersetzt. Mit den Berichten zu Diabetes mellitus Typ 1 und KHK wurden zum 30.06.2016 die ersten Berichte nach diesen Anforderungen erstellten Berichte veröffentlicht.